微生物数据分析综合服务平台

平台概述

北京中科助腾科技有限公司是国家食源性疾病分子溯源网络（TraNetChina）的承研运维单位;同时依托自有技术研制了自主知识产权的国产平台，应用于公司生物信息技术实验室。

公司拥有针对公共卫生与食品安全专业领域的基于云计算的大数据平台，具备业务数据和菌株数据分析服务能力，与国家风评中心建立食源性疾病暴发每日监测报告常态化服务，为北京、上海、吉林、河北、浙江、福建等30余个省级实验室和疾控中心，多家三级甲等医院和研究院所等机构提供了数百次数据分析服务，分析全基因测序菌株数据数干条，专业能力和技术实力受到用户的全面认可。

我公司以上述技术与平台面向国内客户提供微生物的PFGE分子分型数据、全基因组测序数据和扩增子测序数据等

系统功能

50. 专职服务

我公司可以为每一位客户采取专业人员专职服务的方式进行一对一数据分析服务，需求响应及时，执行流程高效。

50. 数据安全

我公司作为国内业务解决方案提供商及数据分析的专业服务商，能够提供安全的数据保全服务。

50. 技术安全

我公司采用自主研制系统以及运维管控的CloudCE进行数据分析服务工作，能够提供可靠的持续性技术保障。

50. 执行效率

我公司独立自主进行数据分析服务，通过优化配置、规范流程及技术革新，能够在执行周期上更短，提供更为高效的服务。

分析项目

1、拼接

利用SPAdes和Velvet算法对NGS测序原始reads进行拼接，获得高质量的基因组序列

2、wgSNP

基于近源参考基因组的高质量SNP位点分析

3、wgMLST

全基因组多位点序列分型，相较于传统的MLST具有更高的分辨率及灵敏度，目前提供

Salmonel enterica、Staphylococcus aureus、Escherichia coli/Shiglla等25种微生物的wgMLST数据分型服务。

4、血清型预测

基于NGS测序数据的血清型预测分析

5、毒力基因分析/耐药基因分析

利用CARD、ARDB、VFDB等数据库对致病菌的毒力因子及致病性相关基因进行基因注释基于WGS数据的菌种预测分析

5、种属分析

根据用户需求的个性化数据分析服务

6、个性化分析