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GenesClouds微生物数据分析平台

GenesClouds微生物全基因组数据存储分析平台,实现微生物全基因组数据的有序存储,提升实验室数据管理水平;提供“一键式”的生物信息学分析能力。

   GenesClouds微生物全基因组数据存储分析平台实现微生物全基因组数据的有序存储,提升实验室数据管理水平;提供“一键式”的生物信息学分析能力。

 

 

一、数据存储

GenesClouds微生物数据分析平台基于分布式非冗余存储技术,实现全基因组测序数据及样本元数据的统一化管理与权限分组设置,形成一套微生物基因组测序原始数据管理体系,解决传统数据存储“易丢失”、“重复存”等问题,支持基于样品元信息标签字段的快速检索及样品分组视图的创建,实现微生物数据的安全有序存储。将传统的数据重复存储问题转为统一的数据管理,为查找数据节省时间。实现快速、专业、易用的高通量微生物数据处理分析,打破数据孤岛实现实验室之间的微生物数据互联互通。

 

二、数据分析

平台整合基因组生物信息学分析功能,包括基因组数据的质控、拼接、cgMLST、wgSNP、基因组功能注释、耐药基因、毒力基因鉴定识别、血清型分析等,为微生物实验室及从业人员提供一个专业、高效、安全的数据存储与分析平台,为基于基因组学的多领域、跨时空的微生物精准溯源及耐药性、致病性、毒性等识别和预测分析提供科学数据支持,通过基于特征值的快速比对,实现近缘食源性致病菌的快速识别与筛选。基于分布式运算架构及弹性伸缩和消息队列技术,实现数据处理高效化、分析流程自动化、平台操作简单的高通量微生物数据处理分析平台 。

 

三、适用场景

疾控中心、海关检疫、市场监管机构、农业系统、高校科研、医疗健康、食品企业、药品企业、第三方检验检测。

 

 

四、平台WGS分析功能

质控(fastqc/quast/Trimmomatic/fastp)

拼接分析(Spades/Velvet/Unicycler/canu)

特征基因分析(Virulence/Resistance/Serotype)

基因组注释(Prokka)

菌种鉴定(Kraken2)

分子分型(cgMLST/wgMLST/wgSNP)

聚类分析(Dendrogram/MInimum Spanning Tree)

 

 

 

GenesClouds微生物数据分析平台向用户提供以下菌种的wgMLST/cgMLST分析:

Acinetobacter baumannii

Brucella melitensis

Campylobacter jejuni/coli

Clostridioides difficile

Enterococcus faecalis

Enterococcus faecium

Escherichia coli

Francisella tularensis

Klebsiella pneumoniae/variicola/quasipneumoniae

Legionella pneumophila

Listeria monocytogenes

Mycobacterium tuberculosis/bovis/africanum/canettii

Mycoplasma gallisepticum

Paenibacillus larvae

Pseudomonas aeruginosa

Salmonella enterica

Staphylococcus aureus