GenesClouds微生物数据分析平台

   GenesClouds微生物全基因组数据存储分析平台，实现微生物全基因组数据的有序存储，提升实验室数据管理水平；提供“一键式”的生物信息学分析能力。

一、数据存储

GenesClouds微生物数据分析平台基于分布式非冗余存储技术，实现全基因组测序数据及样本元数据的统一化管理与权限分组设置，形成一套微生物基因组测序原始数据管理体系，解决传统数据存储“易丢失”、“重复存”等问题，支持基于样品元信息标签字段的快速检索及样品分组视图的创建，实现微生物数据的安全有序存储。将传统的数据重复存储问题转为统一的数据管理，为查找数据节省时间。实现快速、专业、易用的高通量微生物数据处理分析，打破数据孤岛实现实验室之间的微生物数据互联互通。

二、数据分析

平台整合基因组生物信息学分析功能，包括基因组数据的质控、拼接、cgMLST、wgSNP、基因组功能注释、耐药基因、毒力基因鉴定识别、血清型分析等，为微生物实验室及从业人员提供一个专业、高效、安全的数据存储与分析平台，为基于基因组学的多领域、跨时空的微生物精准溯源及耐药性、致病性、毒性等识别和预测分析提供科学数据支持，通过基于特征值的快速比对，实现近缘食源性致病菌的快速识别与筛选。基于分布式运算架构及弹性伸缩和消息队列技术，实现数据处理高效化、分析流程自动化、平台操作简单的高通量微生物数据处理分析平台 。

三、适用场景

疾控中心、海关检疫、市场监管机构、农业系统、高校科研、医疗健康、食品企业、药品企业、第三方检验检测。

四、平台WGS分析功能

质控(fastqc/quast/Trimmomatic/fastp)

拼接分析(Spades/Velvet/Unicycler/canu)

特征基因分析(Virulence/Resistance/Serotype)

基因组注释(Prokka)

菌种鉴定(Kraken2)

分子分型（cgMLST/wgMLST/wgSNP)

聚类分析(Dendrogram/MInimum Spanning Tree)

GenesClouds微生物数据分析平台向用户提供以下菌种的wgMLST/cgMLST分析：

Acinetobacter baumannii

Brucella melitensis

Campylobacter jejuni/coli

Clostridioides difficile

Enterococcus faecalis

Enterococcus faecium

Escherichia coli

Francisella tularensis

Klebsiella pneumoniae/variicola/quasipneumoniae

Legionella pneumophila

Listeria monocytogenes

Mycobacterium tuberculosis/bovis/africanum/canettii

Mycoplasma gallisepticum

Paenibacillus larvae

Pseudomonas aeruginosa

Salmonella enterica

Staphylococcus aureus